If your code scanning results are different than you expected, you may have both default and advanced setup configured for your repository. When you enable default setup, this disables the existing CodeQL workflow file and blocks any CodeQL API analysis from uploading results.
To check if default setup is enabled, navigate to the main page of the repository, then click Settings. In the "Security" section of the sidebar, click Advanced Security. In the "Code scanning" section of the page, next to "CodeQL analysis", click . If there is a Switch to advanced option, you are currently using default setup.
If you want to return to using advanced setup and get code scanning results from your custom workflow file, click Disable CodeQL to disable default setup. Then you should re-enable your pre-existing workflows to start triggering and uploading results from advanced setup. For more information, see ワークフローの無効化と有効化 and コード スキャンの詳細設定を構成する.
場合によっては、リポジトリで code scanning の複数の構成を使用できます。 これらの構成により、重複するアラートが生成される可能性があります。 さらに、実行されなくなった古い構成では、古いアラートの状態が表示され、古いアラートは無期限に開いたままになります。 古いアラートを発生させないようにするには、ブランチから code scanning の古い構成を削除する必要があります。 複数の構成と、古い構成を削除する方法の詳細については、「Code scanningアラートについて」と「コード スキャン アラートを解決する」を参照してください。