If your code scanning results are different than you expected, you may have both default and advanced setup configured for your repository. When you enable default setup, this disables the existing CodeQL workflow file and blocks any CodeQL API analysis from uploading results.
To check if default setup is enabled, navigate to the main page of the repository, then click Settings. In the "Security" section of the sidebar, click Advanced Security. In the "Code scanning" section of the page, next to "CodeQL analysis", click . If there is a Switch to advanced option, you are currently using default setup.
If you want to return to using advanced setup and get code scanning results from your custom workflow file, click Disable CodeQL to disable default setup. Then you should re-enable your pre-existing workflows to start triggering and uploading results from advanced setup. For more information, see Désactivation et activation d’un workflow and Configuration avancée de l’analyse du code.
Dans certains cas, votre référentiel peut utiliser plusieurs configurations code scanning. Ces configurations peuvent générer des alertes en double. En outre, les configurations obsolètes qui ne s’exécutent plus affichent des états d’alerte obsolètes et les alertes obsolètes restent ouvertes indéfiniment. Pour éviter les alertes obsolètes, vous devez supprimer les configurations code scanning obsolètes d’une branche. Pour plus d’informations sur plusieurs configurations et la suppression de configurations obsolètes, consultez À propos des alertes d’analyse du code et Résoudre les alertes d'analyse de code.